Протягом довгого часу населення регіону піддавалося набігам з боку своїх північних сусідів, народу фор, що складають основне населення Дарфуру. Хедив Єгипту зробив Бахр-ель-Газаль своєю провінцією в 1864 році. Однак територія контролювалася місцевими заповзятливими торговцями, які мали власні армії і проголосили себе монархами. У 1873 році найуспішніший з них Себеріо Рахма, прийняв бій і розгромив об'єднані турецько-єгипетські війська. Хедив зробив Бахр-ель-Газаль номінальною провінцією Єгипту, а Себеріо Рахма був призначений губернатором провінції.
Згодом регіон був включений до складу Англо-Єгипетського Судану і став частину провінції Екваторія. У 1948 році Бахр-ель-Газаль був відділений від Екваторії і став дев'ятою за рахунком провінцією колонії. За часів англо-єгипетського кондомініуму територія Бахр-ель-Газаля управлялася британськими місцевими чиновниками. Кордон регіону в цей період зазнав деяких змін: первісно північний кордон проходив з заходу на схід від кордону Французького Конго по 10-й паралелі до перетину з річкою Ель-Араб, потім по річці Бахр-ель-Газаль, звідти — до озера Но, а з нього вгору за течією річки Бахр-ель-Джабаль.[1] у 1905 році до складу Кордофана були передані деякі лівобережні території племені нгок-дінка.[2] Також був перенесений кордон з Дарфуром (на південь, нижче 10-й паралелі). В період незалежності Республіки Судан зі складу Бах-ель-Газаля була виключена і передана до складу Дарфуру північно-західна частина провінції.[3]. У 1996 році в ході адміністративної реформи регіон був розділений на чотири округи, які відповідають нинішнім штатам Південного Судану.
Регіон протягом довгих років був місцем кровопролитних битв під час обох громадянських воєн в Судані. За результатами другої громадянської війни штати Бахр-ель-Газаля стали частиною південносуданської автономії Судану, а після референдуму про незалежність — частиною окремої держави Південний Судан.
