Атлас створений португальським космографомЛопу Хомемом (порт.Lopo Homem) імовірно за участю батька і сина Рейнелів — Педру (порт.Pedro Reinel) і Жоржі (порт.Jorge Reinel). Ілюміновано карти імовірно мініатюристом Антонієм Голландським (порт.António de Holanda).
Нанесений в пізніший період (не раніше 1559 року) на карту геральдичний знак Катерини Медічі свідчить про те, що вже в XVI столітті атлас потрапив до Франції. Є припущення, що він створювався як дар Мануела I своєму родичеві королю Франції Франциску I.
Атлас був придбаний Національною французькою бібліотекою в 1897 році у бібліотекаря Беніня Емануеля Клемента Міллера (фр.Bénigne Emmanuel Clément Miller), що і дало йому сучасну назву — «Атлас Міллера». З XIX століття атлас зберігається в Національній французькій бібліотеці.