В 1987 році записали другий студійний альбом «БлокАда», який розійшовся тиражем 1 млн примірників. Тоді ж були створені перші два відеокліпи (на пісні з альбому «Енергия» (укр.Енергія)) — «Експериментатор» та «Мы вместе» (укр.Ми разом). Після сольних концертів у Ленінграді міська газета «Зміна» звинуватила Кінчева в пропаганді фашизму. Після цього розгорівся судовий процес (так звана «справа Кінчева»), яка закінчилася публічним вибаченням «Зміни». В 1988 році змінився склад групи: до неї приєднався Ігор Чумичкін, а її залишили Шаталін Андрій Шаталін, Павло Кондратенко та Олексій Журавльов. Група брала участь в Ленінградському рок-фестивалі та рок-концерті в Києві разом з ДДТ, Nautilus Pompilius та ін.
В 1990 році на концерті в Москві записано альбом «Шабаш», який був присвячений Александру Башлачьову. Наступного року було створено фан-клуб «Армия Алиса», тоді ж почала виходити газета «Шабаш» — спільна газета групи і фан-клубу.
12 квітня того ж року наклав на себе руки Игор Чумичкін, і група майже рік не грала на концертах. Наступного року гурт повернувся до активного концертного життя, було видано альбоми «Черная метка» (укр.Чорна мітка) та «Ст. 206 ч. 2». На пісню «Знай, паскуда, вольных!» з альбому «Чорна мітка» зняли відеокліп. В 1995 році було знято відеокліпи «Паскуда» та «Атеист» (обидва — з альбому «Чорна мітка»). Видано CD концертного запису "«Алиса» на Шаболовке" (укр."«Аліса» на Шаболовці"), також видано CD концертного запису «Акустика. Часть 1» (укр."Акустика. Частина 1).
В березні 1996 року презентовано альбом «Jazz», на пісні «Лунный вальс» та «Дождь» із цього альбому знімали відеокліпи. У березні того року в групі з'явився другий гітарист — Олександр Пономарьов. В 1997 році видано альбом «Дурень», тоді ж знято відеокліп на пісню з цього альбому «Трасса Е-95». Того року створено офіційний сайт групи — www.alisa.net [Архівовано 2 лютого 2012 у WebCite] і видано CD концертного запису «Акустика. Часть 2» (укр."Акустика. Частина 2).
Наступного року в Санкт-Петербурзі Кінчев та Олександр «Рікошет» Аксьонов записали спільний альбом «Геополитика», в якому були записані всі відомі пісні Кінчева у незвичному для нього стилі техно. Із групи пішов Пономарьов, а замість нього до групи приєднався новий гітарист Є. Льовін. В 1999 році група грала в Москві концерт, присвячений 15-річчю «Аліси», також провела спільний з Агатою Крісті тур по містах Росії.
2000-ті
У лютому 2000 року видано черговий студійний альбом — «Солнцеворот», а наступного року — ще один — «Танцевать». 2003 року гурт видав альбом «Сейчас позднее, чем ты думаешь», який відрізняється міцнішим звучанням. Того року з гурт залишили його засновники — Андрій Шаталін та Михайло Нефьодов.
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 10 січня 2012. Процитовано 19 липня 2011.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 14 серпня 2011. Процитовано 19 липня 2011.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)