Народився 26 жовтня1987 року в Софії. Вихованець юнацької команди «Левскі», з якої перейшов до нідерландського «Феєнорда», проте пробитись до основної команди не зумів.
У дорослому футболі дебютував 2005 року виступами за «Літекс». Поступово Попов став основним півзахисником команди, а 2008 навіть був обраний капітаном команди. У сезоні 2009/10 «Літекс» став чемпіоном Болгарії, а Попов названий найкращим гравцем року за версією Асоціації футболістів Болгарії. Всього за ловецьку команду провів п'ять сезонів, взявши участь у 96 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу турецького «Газіантепспора», до складу якого приєднався на правах оренди влітку 2010 року, а вже в кінці року став повноцінним гравцем команди. Відіграв за турецьку команду наступні два сезони своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Газіантепспора», був основним гравцем команди.
До складу клубу «Кубань» приєднався 25 серпня2012 року. Наразі встиг відіграти за краснодарську команду 20 матчів в національному чемпіонаті.
