Вихованець футбольної школи клубу «Сафа Сан-Луїс».
У дорослому футболі дебютував 1994 року виступами за «Реал Бетіс Б», в якому провів три сезони, взявши участь у 68 матчах чемпіонату. В сезоні 1997–98 навіть провів один матч у складі основної команди «Реал Бетіс», вийшовши на заміну у другому таймі.
Так і не змігши пробитись до основи, Пінто 1998 року перейшов до клубу «Сельта Віго». Відіграв за клуб з Віго наступні десять сезонів своєї ігрової кар'єри.
Своєю грою за «Сельту» привернув увагу представників тренерського штабу «Барселони», до складу якої приєднався 18 січня2008 року на правах оренди. Провівши три матчі, 30 травня2008 року добре себе зарекомендував, і клуб підписав голкіпера за 500 000 євро на постійній основі[4]. Провів за каталонський клуб шість повних сезонів. За цей час чотири рази виборював титул чемпіона Іспанії, двічі ставав володарем Кубка Іспанії з футболу, чотириразовим володарем Суперкубка Іспанії з футболу та дворазовим володарем Суперкубка УЄФА. При цьому зазвичай був резервним голкіпером барселонців. Залишив клуб 38-річний на той момент гравець у травні 2014 року після завершення дії чинного контракту.
.png){kind=small}
