Фозіл Мусаєв почав свою професійну кар'єру в 2007 році в складі «Насафа». У складі клубу Мусаєв грав до 2008 року і за цей час провів двадцять дев'ять матчів. У 2009 році перейшов в «Машал» і грав у складі «газовиків» три сезони і за цей час зіграв у сорока чотирьох матчах і забив п'ять голів.
У 2011 році повернувся в «Насаф» і в тому році разом з командою виграв Кубок АФК. За два сезони, проведених у складі «Насафа», Мусаєв зіграв у тридцяти матчах і забив три голи. У 2013 році він підписав контракт з ташкентським«Буньодкором», але відігравши у складі клубу півсезону[2], поїхав в Катар, де йому запропонував контракт місцевий «Аль-Муайдар»[3]. В складі арабської команди Мусаєв грав до середини 2014 року і за цей час встиг зіграти в п'ятнадцяти матчах і забити один гол.
Влітку 2014 року він повернувся в Узбекистан і підписав контракт з ташкентським «Локомотивом». У складі «Локомотива» Фозіл Мусаєв грав до кінця сезону і провів двадцять два матчі, забивши два голи. В січні 2015 року він підписав контракт з іранським «Сепаханом». Виступав за цей клуб до липня 2016 року і за цей час зіграв 40 матчів, забивши 2 голи. У липні того ж року повернувся в «Насаф».
У грудні 2016 року перейшов до японського клубу «Джубіло Івата».
Виступи за збірну
2008 року виступав за збірну Узбекистану до 19 років, ставши того року фіналістом юнацького кубка Азії. Згодом виступав за молодіжну збірну у кваліфікаційних матчах на літні Олімпійські ігри 2012 року, проте на турнір не пробився.
Дебютував 1 лютого 2009 року в офіційних матчах у складі національної збірної Узбекистану в товариській грі проти Азербайджану (1:1). Всього у формі головної команди країни зіграв 21 матч.
