Футбольний клуб «Фамалікан» був заснований 21 серпня 1931 року[1], однак тільки в наступному сезоні (1932/33) колектив почав свою участь у офіційних змаганнях і став виступати в регіональних лігах.
1946 року клуб вперше вийшов до найвищого дивізіону Португалії, втім у дебютному розіграші команда здобула лише з 7 перемог і 3 нічиї при 16 поразках і завершивши сезон на передостанньому місці повернулась до другого дивізіону. Вдруге до елітного дивізіону клуб повернувся лише на сезон 1978/79, але і цього разу команда виступила невдало, знову вилетівши з Прімейри.
Найяскравішим періодом для клубу став початок 1990-х років, коли команда 1990 року під керівництвом Абела Браги знову повернулась до вищого дивізіону, де змогла утриматись протягом чотирьох сезонів поспіль.
Зайнявши у сезоні 1993/94 передостаннє 17 місце клуб вилетів з Прімейри і в наступні роки через фінансові проблеми результати команди лиш погіршувались і вже 1996 року клуб вилетів в третій дивізіон, 2002 року — у четвертий, а у сезоні 2008/09 один рік команда навіть провела у п'ятій лізі країни.
В 2011 році команда повернулась до третього дивізіону, а у 2015 році — до Сегунди, де стала середняком турніру. Втім на початку сезону 2018/19 років 51% акцій клубу придбано компанією Quantum Pacific Group, яка також володіла 33% капіталу «Атлетіко» (Мадрид)[2]. Нові власники вирішили побудувати на основі команди амбітний проєкт: вивести «Фамалікан» у список найкращих португальських клубів. Вже у першому ж сезоні команда займає 2-ге місце і, після 25 років у нижчих ешелонах, повернулась у Прімейру.
Найвищим досягненням в Кубку Португалії є вихід до чвертьфіналу в сезоні 2014/15, де вони поступились лісабонському «Спортінгу» 0–4.
