У професійному футболі Соя Такахаші дебютував 2014 року виступами за команду «Санфречче Хіросіма», в якій грав до 2018 року, та став у її складі дворазовим володарем Суперкубка Японії та чемпіоном Японії. Частину сезону 2018 року футболіст провів у оренді в клубі «Фаджіано Окаяма».
Згодом Такахаші перебрався до Швеції, де грав у 2019 році у складі команди «АФК Ескільстуна», а в 2020 році в складі команди «Умео». У 2021 році японський футболіст грав у складі американського клубу «Окленд Рутс». У 2022 році Такахаші повернувся до клубу «Умео», і по завершенню сезону 2022 року закінчив виступи на футбольних полях.
