Парламентські вибори 1990 привели до Національної асамблеї. Три політичні партії, сформовані за етнічною ознакою, утворили коаліцію задля усунення комуністів від влади. Наступні референдуми у Словенії й Хорватії, а також здобуття цими державами незалежності, призвели до розколу суспільства у Боснії та Герцеговині. Після декларації про суверенітет у жовтні 1991, було проведено референдум за незалежність від Югославії в лютому і березні 1992. Більшість боснійських сербів бойкотували референдум, таким чином за явки 64 %, 98 % виборців віддали свої голоси на користь незалежності Боснії і Герцеговині, після чого республіку оголошено незалежною державою[1]
Першим етапом війни був значний сербський наступ у березні 1992, в східній і північній Боснії. Після декількох військових інцидентів, відкрита війна почалася в Сараєво 6 квітня[1] Міжнародне визнання Боснії та Герцеговини означало, що Югославська народна армія (ЮНА) окупувала територію республіки, тому військові югославської армії просто перейшли до лав Армії Республіки Сербської. Озброєній та екіпірованій із запасів ЮНА в Боснії, підтримуваній добровольцями Республіці Сербській у 1992 р. вдалося взяти більшу частину території країни під свій контроль[1]. На 1993 р., коли спалахнув збройний конфлікт між Республікою Боснія і Герцеговина й ХР Герцег-Босна, близько 70 % території країни знаходилося під контролем сербів[2]
Підписання Вашингтонської угоди між боснійськими та хорватськими лідерами у березні 1994 року привело до створення спільної боснійсько-хорватської Федерації Боснії і Герцеговини. Це, разом з військовою допомогою НАТО, допомогло переламати хід війни. Підписання Дейтонських угод в Парижі президентами Боснії і Герцеговини (Алія Ізетбегович), Хорватії (Франьо Туджман), і Сербії (Слободан Мілошевич) зумовило припинення бойових дій та початку створення сучасної держави. Підсумками трьох років війни стало 95 000—100 000 осіб убитими і більш ніж 2 мільйони переміщених осіб[3]