У 2005 році він був менеджером проектів на виборах до Московської міської думи (РФ). Паралельно з цим він був менеджером відділу досліджень, центрального виборчого штабу партії БЮТ на виборах до Верховної Ради України та Київської міської ради.[8]
Прокопенко був заступником директора громадської організації «Молодіжна альтернатива», працював виконавчим директором ГО «Інститут процесів соціального розвитку»[9].
З 2007 р. він займався підприємницькою діяльністю.
У період з 2009 по 2010 рік Прокопенко був керівником політтехнологічної групи кандидата в Президенти України Юлії Тимошенко.[8]
У 2010 році був керівником виборчого штабу на виборах мера Алушти і депутатів Верховної Ради АР Крим.[8]
З 2010 по 2011 рік він працював керівником політтехнологічної групи з побудови та організаційного розвитку політичної партії «Грузинська партія» (Тбілісі, Грузія).[8]
У 2011 році Андрій Прокопенко був головою Тольятинського регіонального виборчого штабу на виборах до Державної Думи і Самарської обласної думи (РФ).[8]
З 2009 по 2012 рр. — партнер, керівник практики в Україні консалтингової компанії GR Research&Consulting Center.
З 2012 по 2013 рр. — радник віце-президента російської нафтової компанії ВІДКРИТЕ АКЦІОНЕРНЕ ТОВАРИСТВО "ТНК-ВР МЕНЕДЖМЕНТ" (голова департаменту комунікацій та корпоративних ЗМІ)[3]. На цій посаді розробляв інформаційну політику для співробітників компанії, а також керував медіахолдингом «Западная Сибирь».[8]
У 2013 році був головою виборчого штабу на виборах мера міста Воронеж (РФ), а також на виборах місцевих депутатів.[8]
У 2014 році був керівником штабу на виборах до Верховної Ради України за одномандатним округом у Чернігові. Його кандидат здобув перемогу на виборах. Цього ж року Андрій Прокопенко став депутатом обласної ради Чернігова.[10]
З 2015 — керівний партнер компанії «Прокопенко та партнери»[11].
В січні 2021 створив «Чернігівекопроект" надає послуги зі складання звітів зі стратегічної екологічної оцінки «під ключ», про діяльність компанії були публікації щодо можливих корупційної складової.
В травні 2020 року один з найбільших платників податків Чернігівській області, компанія «Слов'янські шпалери — КФТП» (Корюківка) була на межі втрати значної частини ринку через введення 18 % спецмита на імпорт полівінілхлориду, який є складовою технологічного процесу виготовлення шпалер.
Під час візиту президента Володимира Зеленського 10 червня 2020 року в Чернігівську область, Чернігівська обласна державна адміністрація звернулася до Президента і прем'єр-міністра з проханням захистити права вітчизняних виробників, зокрема, компанію «Слов'янські шпалери — КФТП»[19]. Президент доручив розв'язати цю проблему[20] і вже 24 червня спецмито було скасовано. Доручення президента допомогло врятувати підприємство.