З 26 серпня 1939 року — командир 31-го танкового полку 5-ї танкової дивізії. Учасник Польської і Французької кампаній. Відзначився під час взяття Мобежа: разом із своїм полком зайняв цитадель з двома фортами і утримував їх до прибуття підкріплень. Завдяки своїм діям Вернер одержав прізвисько «Червоний Диявол», засноване на емблемі його полку. З 19 червня 1940 року — перший офіцер військово-морської бази Бреста. Під час плавання в Атлантичному океані біля Бреста помер від серцевого нападу.
Der Heldentod meines Regimentskommandeurs, Schwerin 1924 — книга розповідає про загибель командира Вернера, оберст-лейтенанта Вільгельма фон Таддена, кавалера ордена Pour le Mérite.
Література
Fellgiebel W.P., Elite of the Third Reich, The recipients of the Knight's Cross of the Iron Cross 1939—1945: A Reference, Helion & Company Limited, Solihull, 2003, ISBN 1-874622-46-9
Hans Christern: Die «Roten Teufel» und ihr Kommandeur, München 1941