Створення інституту було заплановано папою Левом XIII у 1902 році. Проте лише його наступник Пій X зумів реалізувати його плани. 7 травня1909 року апостольським листом «Vinea electa» офіційно засновано інститутуніверситетського рівня, що спеціалізується на викладанні, вивченні та критичному дослідження біблійнихтекстів. Інститут засновано у м. Римі та передано під опіку єзуїтів. Першим ректором інституту призначено Леопольда Фонка. У 1927 році відкрито філію інституту у м. Єрусалимі. Папський Біблійний Інститут організаційно інтегрований у Папський григоріанський університет та Папський східний інститут з правами присвоєння академічних ступенів.