Вихованець клубу «Аугсбург Пантерс», до 1996 року виступав за молодіжну команду. У сезоні 1996/97 дебютує в Німецькій хокейній лізі в основі «пантер». У наступних сезонах, захисник є гравцем основного складу. У 2000 році переходить до «Адлер Мангейм» та здобуває титул чемпіона Німеччини. До сезону 2005/06 Міхаель грає за «орлів». Сезон 2006/07 захисник починає у новому для себе клубі Інгольштадт, уклав контракт до 2008 року, влітку 2008 продовжує ще на два роки до 2010 року. З сезону 2010/11 Бакош є гравцем «Штраубінг Тайгерс», також виконує обов'язки капітана команди.[1] У свій перший рік у клубі захисник провів лише 34 гри, на початку сезону захворів на мононуклеоз.[2] У сезоні 2011/12 Міхаель знову капітан команди. 11 січня2012 захисник оголосив, що піде з клубу «Штраубінг Тайгерс» після сезону та повернеться в своє рідне місто Аугсбург.[3] Навесні 2014 відігравши 648 матчів у ДЕЛ, Міхаель завершив кар'єру хокеїста через стан здоров'я.[4]