У віці близько 22 років була видана заміж за 13-річного бургундського принца Жана, старшого сина герцога Філіпа II Доброго. 12 квітня 1385 року в Камбре пройшло подвійне вінчання Маргарити та Жана, якому було дароване Неверське графство, і сестри Жана, Маргарити, з Вільгельмом Баварським. Баварська принцеса мала червону мантію, розшиту золотими птахами. Як виглядав її наречений відомостей не збереглося. Святкування цих весіль було великою європейською подією і зібрало численних гостей, серед яких був і король Франції Карл VI. Частування, турніри та перегони тривали тиждень. Подружні союзи збільшили могутність і престиж батьків наречених, правлячих герцогів, та об'єднали їх сфери впливу.[1]
Половина посагу Маргарити була використана її свекором для купівлі графства Шаролє, яке межувало з Бургундією на півдні. Хоча у шлюбному договорі прямо вказувалося, що Маргарита і діти, народжені у шлюбі, повинні мати узуфрукт, вона ніколи не отримувати дохід від цього району, доки Філіп і Жан правили в герцогстві.[1]
Титул графа Неверського, який носив її чоловік виявився лише символічним, оскільки Жан не мав особистого доходу з даної області. Припускається, що у перші роки шлюбу Маргарита була частиною культурного та високо розвиненого двору її бургундських родичів. Сумнівно, що шлюб був консумований відразу, а також, що принцеса загалом часто бачила свого чоловіка в перші роки подружнього життя.[1] Їхній первісток з'явився на світ у 1390, за п'ять років після весілля. Всього у подружжя було восьмеро дітей:
Маргарита (1390—1442) — була двічі одружена, дітей не мала;
Катерина (1391—1414) — одружена не була, дітей не мала;
Марія (1393—1463) — дружина герцога Клеве та графа Марка Адольфа I, мала восьмеро дітей;
Філіп (1396—1467) — герцог Бургундії у 1419—1467 роках, герцог Люксембургу у 1443—1467 роках, був тричі одруженим, мав чотирьох законних дітей і кількох позашлюбних;
Ізабелла (?—1412) — дружина графа Пентьєвра та Перігору Оливьє де Блуа, дітей не мала;
Агнеса (1407—1476) — дружина герцога Бурбону Карла I, мала одинадцятеро дітей.
Оскільки її тесть грав видну роль у французькій політиці, Маргарита регулярно відвідувала Париж. Після того, як Жан провів хрестовий похід проти турків і повернувся з нього у 1398 році, отримавши прізвисько «Безстрашний», Філіп II призначив його заступником в Бургундії. У квітні 1404, після смерті батька, Жан став повноправним герцогом. За його відсутності в країні Маргарита виступала регентом[1].
Так, у 1409 році, коли чоловік брав участь у боротьбі проти арманьяків, Маргарита очолювала країну і вважалася здібною адміністраторкою. Вона по черзі мешкала у Діжоні та Руврі, маючи в пріоритеті захист регіону. Для забезпечення фінансування, необхідного для оборони, скликала штати. Відремонтувала замки і звела нові укріплення, зроблені по дозволеним виплатам, а також за допомогою примусових позик і кредиторів. Бургундським військам вдалося вигнати арманьяків з Бургундії та захопити графство Безансон.[1]
У 1419 році Жан Безстрашний загинув. Їхній син Філіп, за підтримки Маргарити, намагався покласти край громадянській війні за допомогою дипломатії та шлюбниї політики[1].
Померла 23 січня 1422. Була похована поруч із чоловіком в монастирі Шампмоль в Діжоні[2].
Delphine Jeannot, Le Mécénat bibliophilique de Jean sans Peur et de Marguerite de Bavière (1404-1424), Turnhout, Brepols, 2012 ISBN 978-2-503-54422-9.
Delphine Jeannot, « Les bibliothèques de princesses en France au temps de Charles VI : l'exemple de Marguerite de Bavière », dans Anne-Marie Legaré, éd., Livres et lectures de femmes en Europe entre Moyen âge et Renaissance, Turnhout, Brepols, 2007 DOI 10.1484/M.STPMSBH-EB.3.2385, стор. 191-210.
Alain Marchandisse, «Le pouvoir de Marguerite de Bavière, duchesse de Bourgogne», dans Eric Bousmar, Jonathan Dumont, Alain Marchandisse et Bertrand Schnerb, éd., Femmes de pouvoir, femmes politiques durant les derniers siècles du Moyen Âge et au cours de la première Renaissance, De Boeck, 2012. стор. 493-506.