Клуб заснований у 2002 році. До сезону 2022/23 був виключно футзальним. Брав участь у багатьох внутрішніх футзальних турнірах країни під назвою «Лідер-ЗПО», де абревіатура ЗПО розшифровується як «збірна Полтавської області». Найвищим досягненням була участь у Вищій лізі з жіночого футзалу в сезоні 2020/21.
В сезоні 2022/23 заявився вже як футбольна команда в Першу лігу чемпіонат України з футболу серед жінок. В своєму дебютному сезоні «Лідер» одразу посів перше місце та здобув право на підвищення у класі на наступний сезон, а нападниця команди Ангеліна Федоренко з 10 голами стала кращою бомбардиркою турніру[2].
У міжсезоння клубу не вдалося кадрово підсилитися та знайти нових футболісток для конкуретноспроможнього виступу на вищому рівні, тому «Лідер» відмовся від участі в елітному дивізіоні[3] та в сезоні 2023/24 виступав в групі «Б» Першої ліги.
