Відомо, що у 1686 році разом з батьком, матір'ю, братами й сестрами Семен Юхимович Лизогуб їздив до Москви провідати свого рідного діда й опального козацького правителя Петра Дорошенка, який з 1676 року перебував там у почесному засланні.
У 1725 році брав участь у Гілянському поході, а в 1727 році був у числі козацьких депутатів, посланих до Москви для відновлення гетьманату в Україні. У 1734 році в складі козацького корпусу свого брата Якова Лизогуба брав участь у поході на Польщу, пов'язаному зі втручанням Російської імперії в боротьбу за польський престол Речі Посполитої на боці Августа ІІІ. Під час цього походу він і загинув.
Пращура Гоголя поховали з військовими почестями у монастирі св. Василія під Гродно. В Україні Семен Юхимович Лизогуб володів великими маєтностями, які нараховували близько 600 дворів. Мав чотирьох синів: Семена, Івана, Василя, Костянтина та двох доньок: Ганну та Анастасію. Старший син Семен був одружений з Мартою Василівною Кочубей, донькою полтавського полковника.
