Футбольний клуб «Куопіон Паллосеура» був офіційно заснований 16 березня 1923 року, на основі футбольної команди, яка з 1915 року входила в систему «Куопіон Рейпас»[en], спортивного клубу, в якому грали в різні командні види спорту. Після закінчення громадянської війни в Фінляндії в керівництві «Куопіон Рейпас» відбулися ряд суперечок, за підсумками яких кілька спортивних колективів стали самостійними клубами, в тому числі і «Куопіон Паллосеура».
Протягом 1920-х років КуПС грав здебільшого з місцевими командами, поки в 1930 році не виграв чемпіонат свого округу Саво, завдяки чому і потрапив у другій дивізіон Фінляндії. КуПС знадобилося більше 15 років, аби вийти до найвищого дивізіону Фінляндії. Вперше там вони зіграли у сезоні 1947/48, втім посівши передостаннє 7 місце команда одразу вилетіла назад. А вже на сезон 1949 року клуб знову повернувся до еліти, і цього разу залишався у вищому дивізіоні 44 сезони. За цей час команда п'ять разів вигравала чемпіонат Фінляндії (1956, 1958, 1966, 1974, 1976) та двічі (1968, 1989) Кубок Фінляндії. За підсумками сезону 1992 року команда посіла останнє місце і вилетіла з вищого дивізіону.
В наступні роки КуПС став командою-ліфтом, то повертаючись до вищого дивізіону, де виступав у 1994, 2001—2003 та 2005—2006 роках, то знову вилітаючи з нього, а сезон 1998 року команда провела взагалі у третьому дивізіоні Фінляндії.
У 2006 році КуПС вчергове вилетів з вищого дивізіону і був на межі банкрутства, від якого клуб врятував виконавчий директор інвестиційного банку ICECAPITAL Арі Лахті, збільшивши свою частку до 95 %[1]. З новим власником команда посіла 1 місце у другому дивізіоні і цього разу надовго повернулась до еліти, де стала боротись за медалі.
У 2019 КуПС вперше з 1976 року виграв чемпіонат Фінляндії. Завдяки цьому вони вийшли до кваліфікації Ліги чемпіонів, з якої, щоправда, одразу вилетіли, прогоравший розгромно Фінляндії норвезькому «Молде» (0:5).