У дорослому футболі дебютував 2000 року виступами за команду клубу «Алахуеленсе», в якій провів сім сезонів, взявши участь у 82 матчах чемпіонату. За цей раз чотири рази вигравав титул чемпіона Коста-Рики, а також Лігу чемпіонів КОНКАКАФ та двічі Клубний Кубок UNCAF.
У 2007 році Ернандес на правах оренди перебрався в австралійський«Мельбурн Вікторі»[1], з якою став чемпіоном Австралії у сезоні 2008/09. Після двох років перебування в команді з півзахисником був укладений повноцінний контракт[2]. У сезоні 2009/10 півзахисник був визнаний найкращим гравцем свого клубу в сезоні[3][4]. 16 травня 2012 року було оголошено, що Ернандес покинув клуб[5].
У сезоні 2012/13 Карлос Ернандес виступав індійській І-Лізі за «Праег Юнайтед», після чого повернувся в австралійську А-лігу, поповнивши склад новозеландського«Велінгтон Фенікса»[6][7]. В команді він виступав разом зі своїм співвітчизником Кенні Каннінгемом. За весь час виступів на Зеленому континенті костариканець за підсумками сезону 4 рази потрапляв до символічної збірної А-Ліги.
У 2014 році повернувся на батьківщину в Коста-Рику. Там він уклав контракт з клубом «Картагінес»[8], але провів лише пів року, після чого знову грав за кордоном, спочатку у індійському «Демпо»[9], а потім в гватемальському «Мунісіпалі».
↑Archived copy. Архів оригіналу за 19 травня 2012. Процитовано 16 травня 2012.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 22 травня 2014. Процитовано 9 листопада 2018.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 9 листопада 2018. Процитовано 9 листопада 2018.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 18 квітня 2021. Процитовано 9 листопада 2018.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)