Батько Еугена, Ладислав Сухонь, був органістом і вчителем, мати Серафина — піаністкою. З раннього дитинства Еуген чув звуки музики, коли його батько репетирував зі своїми учнями. Перші уроки гри йому давала мати.
Ранні твори цього композитора написані в класичних традиціях. У 1920–1940-х роках пише музику в національному дусі із впливами експресіонізму та неокласицизму. Із середини 1950-х років засвоює деякі елементи додекафонії.
Обидві опери Сухоня вперше виконали в Національному театрі у Братиславі. Неодноразово вони ставились і за кордоном. Серед постановок:
Музика до драми І. Стодоля «Король Святоплук» (King Svätopluk, 1935–1936) — увертюра і кілька номерів для великого оркестру, op.10
Музика до п'єси Gerzo Барбара Цельська (1937), симфонія для оркестру.
Симфонічні твори
«Маленька сюїта з пасакалією» (1967) 11 хв, симфонічний твір для великого оркестру, op.3
«Сюїта-балада» (1934–1936) 22 хв, симфонічний твір для великого оркестру, op.9
«Бій завершиться завтра» (1950), музика до повнометражної стрічки для великого оркестру
«Метаморфози» (1951–1953) 29 хв, симфонічні варіації для великого оркестру
«Сільська симфонієта» (1954–1955) 16 хв, симфонічний твір для великого оркестру
«Перемога» (The Breakthrough, 1977) 24 хв, симфонічний нарис до фільму
Вокально-симфонічні твори
«Ніч і самотність» (1932) 13 хв, 5 пісень для мецо-сопрано з оркестром
«Псалом землі Підкарпатської» (1937–1938), 38 хв, кантата для тенора, чоловічо-жіночого хору і великого оркестру, op.12
«До зірок» (1961) 13 хв, 5 пісень для сопрано з малим оркестром
«Три пісні для баса та оркестру» (1984–1985), 17 хв, для баса з оркестром
Концертні твори
«Бурлеск» (1933) 12 хв, для скрипки з великим оркестром
«Фантазія» (1948) 14 хв, для скрипки з великим оркестром
Сюїта-рапсодія (1964–1965) 25 min., для фортепіано з великим оркестром (або двох фортепіано)
«Симфонічна фантазія на тему BACH» (Symphonic Fantasia on B-A-C-H, 1971) 27 хв, для органу, струнного оркестру та ударних (або для органу та фортепіано)
Концертина для кларнета й оркестру (1977) 20 хв, для кларнета й оркестру
Камерно-інструментальні твори
Соната ля бемоль мажор (1929–1930) 26 хв, для скрипки та фортепіано
Струнний квартет (1930–1931, доопрацьовано 1939), для струнного квартету
Маленька сюїта з пасакалією (1931–1932) 11 хв, для фортепіано
Серенада (1932–1933) 12 хв, для духового квінтету та струнного оркестру
Квартет з фортепіано (Piano Quartett, 1932–1933) 28 хв, для скрипки, віоли, віолончелі та фортепіано
Сюїта-балада (1935) 22 хв, для фортепіано
Академічний гімн університету Коменського (Academic Fanfare of Comenius University, 1937) 2 хв, для духового оркестру