Значна частина кордону між Естонією та Росією — водні; проходять фарватером річки Нарви і Чудсько-Псковського озера; на півдні розташовані сухопутні ділянки, частини яких оскаржувалися[1] Естонією до приєднання країни до ЄС і НАТО.
Станом на 2011 рік, договір про кордон між країнами, який передбачає визнання відповідних територій російськими (у Печорському районі Псковської і Ленінградській областях) не ратифікований (договір був підписаний у травні 2005 року, але при ратифікації естонський парламент зробив низку дій, після яких Росія відкликала свій підпис під договором[2]), проте Естонія на своїх монетах таки стала карбувати зображення мапи країни без цих територій (монети євро Естонії).
З боку Росії до кордону примикають Ленінградська область і Псковська область. Кордон розділив міста Нарва (Естонія) і Івангород, які в радянський час були єдиною комунікаційною агломерацією. Обидва мають переважно російське і російськомовне населення.
Примітна різка зміна напрямків торговельного обороту до і після встановлення кордону. Якщо на початку 1990-х населення РРФСР їздило на закупи до Естонії, то нині естонські споживачі активно закуповуються в Росії та часто перепродують товар в Естонії. Найчастіше такі товари, як цукор, сигарети й бензин. Останнім часом на російській стороні стало вигідніше купувати і різного роду послуги[3]
На кордоні діють два види пропускних пунктів: автомобільно-пішохідний міст Дружби (Нарва-Івангород) і озерний на Чудсько-Псковському озері (з 2004 року), що експортує до Естонії будівельний пісок[4]
Дубки
Росії належить не зв'язаний з основною територією держави напівексклав Дубки. Територія села з усіх сторін по суші оточена територією Естонії і є напівексклавом. Зв'язок з російською територією можливий тільки Псковським озером. Місцевість відноситься до історичної області Сетумаа.
