Футбольний клуб був організований при Південноукраїнській АЕС. Офіційною датою створення клубу є 1 вересня 1990 року[2]. Вперше команда «Олімпія» з Южноукраїнська засвітилася на всеукраїнській арені в 1991 році. Тоді клуб дебютував у розіграші чемпіонату України серед КФК. «Олімпія» виступила в третій зоні і завершила турнір на 13-му місці (+ 7 = 5-16, м'ячі 32-46, 21 очко). У тому ж сезоні южноукраїнці вперше стали чемпіонами області та завоювали кубок, розгромивши у фіналі миколаївський «Торпедо» на його полі — 6:0. «Олімпія» також стала переможницею 2-ї спартакіади команд атомних станцій СРСР.
У 1995 році клуб отримав професіональний статус. Тоді ФК «Олімпія ФК АЕС» (Южноукраїнськ) об'єднався з ФК «Артанія» (Очаків) під власною назвою, та зайняв місце «Артанії» у другій лізісезону 1995/1996 років. 12-те місце «Енергії» в сезоні 2007/08 років віце-президент клубу Олег Недяк назвав провальним. Фінансування з боку Південноукраїнської АЕС практично припинилося. Щоб зберегти команду, розглядалися два варіанти. Один з них полягав у тому, щоб перевести її в першу лігу чемпіонату України з футзалу, оскільки в цьому випадку витрати на утримання зменшаться вдвічі. Або зберегти її як аматорський футбольний клуб[3]. У 2008 році позбавлений професіонального статусу у зв'язку з непроходженням ліцензування.
