Мертке народився в Ризі в тодішній Російській імперії в родині балтійських німців. Вивчав музику в Ризі, Санкт-Петербурзі, Москві, а після 1853 року в Лейпцигу в Альбрехта Агте. З деяких джерел, уперше з'явився перед аудиторією як піаніст вже у віці десяти років, а до 1850 року грав у Санкт-Петербурзі та Москві. З 1859 року подорожував піаністом, а потім працював вчителем фортепіано в сучасній Німеччині до 1869 року, коли став професором в консерваторії в Кельні. Директор музичної школи у Швейцарії.[4] Помер у Кельні.[5]
Автор трьох опер — «Ліза, або Мова сердець» (1872), «Резі фон Гемзенштайг» та «Кирило з Солуні» (постановка посмертно в Росії). Також писав кантати, твори для фортепіано, гімни, пісні. Він також був редактором творів інших композиторів і складав аранжування для музики інших композиторів.
У 1866 році видав у ляйпціґсько-вінтертурському видавництві Ріттера Бідерманна збірник українських пісень «Двісти українських пісень. Співи і слова зібрав: Марко Вовчок».[6][7] Ці українські народні пісні зібрав Опанас Маркович, який передав їх спочатку своїй дружині Марії Вілінській закордон в Париж, а та в свою чергу переслала близько 210 українських народних пісень Мертке, який провів їх гармонізацію. Із запланованих до видання 8 зошитів збірки «Двісті українських пісень», 1866 року був виданий лише перший зошит, до якого увійшло 25 пісень (Лейпціг-Вінтертур, 1864).
↑Двісти украінських пісень. Співи і слова зібрав: Марко Вовчок; У ноти завів Эдуард Мердке. Лейпциг-Винтертур: Власность и виданне Ритер Бидерманна. 1866. 56 стор.
↑Фольклорні записи Марка Вовчка та Опанаса Марковича. Упоряд., передмова і приміт.: О. І. Дей, відп. ред.: Н. Є. Крутікова. Київ: Наукова думка; АН України, Ін-т мистецтвознавства, фольклору та етнографії ім. М.Т. Рильського. 527 стор.: 44. 1983. (До 150-річчя з дня народження М.Вовчка)