До переходу в УЄФА Джанні Інфантіно працював генеральним секретарем Міжнародного центру вивчення спорту (CIES) при Університеті Невшателя, а раніше обіймав посаду радника в різних футбольних організаціях, у тому числі — у професійних лігах Італії, Іспанії та Швейцарії.
У Європейському футбольному союзі Інфантіно працює з серпня 2000 року, у його компетенцію входять юридичні та комерційні питання, а також проблеми професійного футболу. Із січня 2004 року очолював Відділ юриспруденції та ліцензування УЄФА. Виконував обов'язки директора-розпорядника, потім заступника генерального секретаря. Найчастіше проводив жеребкування Ліги Чемпіонів та Ліги Європи. З 1 жовтня2009 року до 26 лютого2016 року обіймав посаду генерального секретаря УЄФА.[2]
26 лютого2016 року обраний президентом ФІФА на трирічний термін до 2019 року. У 2019 році був переобраний на другий термін.