Поверхня країни – низовина. Вздовж берегів — дюни, вати, марші, польдери (осушені території).
Станом на початок XXI ст. нижче від рівня моря розташовано понад 50 % території держави, включно з майже всіма західними регіонами - від провінції Зеландія на південному заході до провінції Гронінген на північному сході. Більшу їх частину голландці почали відвойовувати біля моря ще у XIII ст. і зуміли перетворити в продуктивні орні угіддя. Ділянки боліт і мілин були обгороджені греблями, вода відкачувалася впродовж століть за допомогою енергії вітряків, а пізніше паровими і електричними насосами.
Рівні великих річок країни в їх нижніх течіях нерідко розташовуються вище навколишніх межиріч, складених пухкими осадами, і природним захистом від повеней є берегові вали, які зміцнюють греблями.
З 1927 року в Нідерландах почалося здійснення великого гідротехнічного проєкту Зьойдерзе з осушення затоки Зейдер-Зе. До 1932 було завершене будівництво основної греблі довжиною 29 км. Насамперед було осушено польдер Вірінгермер (Північна Голландія), потім Урк (нині входить до провінції Флеволанд). Таким же способом були осушені території Східного і Південного Флеволанду. Внаслідок відділення дамбою від моря та витіснення морської води водами річки Ейссел утворилися прісноводні озера Ейсселмер та Маркермер.
Сьогодні в Нідерландах розглядається проєкт будівництва гребель між Фрізькими островами, які обрамовують північне узбережжя країни. При цьому мілководне Ваттове море (Ваддензе), що тягнеться між цими островами і материком, також буде осушене. У 1990-х роках стратегія гідротехнічних і меліоративних робіт, що нараховували тисячолітню історію, істотно змінилася. Тепер планується перетворити бл. 240 тис. га, або приблизно 1/10 всіх сільськогосподарських угідь країни, в ліси, луги і озера з метою охорони навколишнього середовища.
Значна частина території Нідерландів розташована вище за рівень моря. Це піщані берегові дюни, плоскі і слабкогорбисті рівнини переважно на сході і півдні країни, а також крейдяне плато, розчленоване глибокими річковими долинами, на крайньому південному сході. Тут знаходиться найвища точка країни — гора Валсерберг (321 м над р.м.).
Клімат морський, помірний. Завдяки переважанню західних вітрів, що дують з Північного моря, зимою в Нідерландах звичайно встановлюється м'яка погода, а влітку — прохолодна.