Народився 23 липня1994 року в місті Олівейра-ду-Байрру. Вихованець футбольної школи клубу «Олівейра-ду-Байрру». В сезоні 2011/12 взявши участь у 5 матчах за першу команду, що грала у третьому за рівнем дивізіоні країни. За підсумками сезону клуб вилетів до Терсери, а Вілсон перейшов у столичний «Спортінг»[1], де став виступати за молодіжну команду, а у сезоні 2013/14 зіграв 13 ігор за «Спортінг» Б у Сегунді.
Так і не пробившись до основи «Спортінга», Манафа покинув клуб і в наступні роки виступав за нижчолігові команди «Бейра-Мар»[1], «Анадія», «Варзім»[2] та «Портімоненсі»[3]. Граючи у складі останнього Вілсон здебільшого виходив на поле в основному складі команди і в сезоні 2016/17 допоміг команді виграти Сегунду та вийти до вищого дивізіону[4]. Манафа дебютував в португальському вищому дивізіоні 7 серпня 2017, зігравши 16 хвилин в домашній грі проти «Боавішти» (1:2)[5], а перший гол забив 25 серпня наступного року в зустрічі із «Санта-Кларою» (2:2)[6]. По ходу сезону 2018/19 Вілсон з флангу був перетворений головним тренером Антоніу Фольєю в центр захисту, де вдало себе проявив[7].
21 січня 2019 року Манафа підписав контракт на чотири з половиною роки з «Порту»[8]. У складі «драконів» Манафа відразу став основним захисником і 2020 року допоміг команді виграти чемпіонат, Кубок та Суперкубок Португалії. Станом на 24 січня 2021 року відіграв за клуб з Порту 52 матчі в національному чемпіонаті.
↑Zappa, Manuel (14 січня 2016). Wilson Manafá assina pelo Varzim SC [Wilson Manafá signs for Varzim SC]. Jornal da Bairrada(порт.). Архів оригіналу за 22 січня 2019. Процитовано 21 січня 2019.
↑Alves, Armando (27 травня 2016). Wilson Manafá e Pedro Sá são reforços [Wilson Manafá and Pedro Sá are additions]. Record(порт.). Архів оригіналу за 21 січня 2019. Процитовано 21 січня 2019.
