Під час німецько-радянської війни з вересня 1941 року по грудень 1942 року був командиром ланки, ескадрильї, штурманом 198-го штурмового авіаційного полку, а з грудня 1942 року по листопад 1943 року інспектором з техніки пілотування 3-го штурмового авіаційного корпусу. Брав участь в боях з оборони Москви і в Курській битві.
За проявлену мужність і відвагу в боях Михайло Бондаренко був двічі (1942[1] і 1943) удостоєний звання Героя Радянського Союзу.
В 1945 закінчив Військово-повітряну академію, після чого продовжив службу командиром штурмового авіаполку в Польщі.
У селі Богданівка, де народився М. З. Бондаренко, його ім'ям названа вулиця та встановлено бронзове погруддя. У місті Яготин на алеї слави також встановлено бюст героя.
Герои Советского Союза. — Т. 1. — М., Военное издательство, 1988. — С. 185.
Позняк Г. Ф. Бондаренко Михайло Захарович // Енциклопедія сучасної України : у 30 т. / ред. кол. : І. М. Дзюба [та ін.] ; НАН України, НТШ, Коорд. бюро Енцикл. Сучас. України НАН України. — К. : Поліграфкнига, 2003. — Т. 2 : Б — Біо. — 872 с. — 10 000 прим. — ISBN 966-02-2681 — С. 266.