Почав кар'єру професійного футболіста в клубі «Ландскруна БоІС». У 1993 році допоміг йому вийти в Аллсвенскан. У наступному сезоні «Ландскруна» посіла 13-те, передостаннє місце у вищій лізі і вибула назад в Дивізіон 1; Якобссон перейшов в «Гельсінгборг». У сезоні 1995 клуб вперше за 40 років зайняв друге місце в Аллсвенскан. У сезонах 1996 і 1998 Якобссон зіграв у всіх матчах «Гельсінгборга» в чемпіонаті, а в 1998 році він виграв шведський Кубок. У 1999 році вперше у своїй кар'єрі він став чемпіоном Швеції.
Влітку 2000 року перейшов в німецький клуб «Ганза» (Росток). Він дебютував у Бундеслізі 11 серпня в матчі проти дортмундської «Боруссії» (0:1). В новій команді, що була середняком чемпіонату, він став основним гравцем і за три сезони пропустив лише три зі 102 матчів Бундесліги.
У липні 2003 року Якобссон перейшов у данський «Брондбю». Допоміг клубу вийти в 1/16 фіналу Кубка УЄФА, забивши 2 голи у ворота «Шальке-04».[1] Якобссоном цікавився англійський клуб «Іпсвіч Таун», але швед відмовився.[2] Натомість 31 серпня 2004 року Якобссон перейшов в англійський «Саутгемптон» за 1,8 млн євро.[3] Сезон в Англії вийшов невдалим: «Саутгемптон» посів 20-те, останнє місце у Прем'єр-лізі, і вибув у Чемпіоншип, хоча й дійшов до чвертьфіналу Кубка Англії.
Після цього Якобссон повернувся в «Гельсінгборг». Допоміг клубу спочатку потрапити в Кубок УЄФА 2007/08, а потім вийти в плей-оф. По закінченні сезону 2007, в якому Якобссон зіграв у всіх матчах «Гельсінгборга» в чемпіонаті, завершив кар'єру професійного футболіста. У 2008 році грав за аматорський клуб «Свалев».
У серпні 2004 року, лише через два місяці після Євро-2004, він оголосив про вихід на пенсію зі збірної. Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 9 років, провів у формі головної команди країни 36 матчів, забивши 3 голи.
