Амін почав займатися футболом в дитячій команді «Унтеррат», куди його привів батько, сам у минулому ліванський футболіст. У 2000 році Юнес вступив у футбольну академію менхенгладбахської«Боруссії». У 2009 році він допоміг юнацькій команді посісти друге місце в юнацькому чемпіонаті. У 2011 році Амін був включений в заявку основи. У квітні 2012 року в матчі проти клубу «Ганновер 96» Юнес дебютував у Бундеслізі, замінивши у другому таймі Тоні Янчке[3]. У наступному сезоні Амін став частіше виходити на поле, але був гравцем ротації. 24 лютого 2013 року в поєдинку проти дортмундської«Боруссії» він забив свій перший гол за команду[4].
Влітку 2015 року Юнес на правах вільного агента приєднався до амстердамського«Аяксу», підписавши контракт на три роки. 17 серпня в матчі проти «Хелмонд Спорт» він дебютував у Еерстедивізі за дублюючий склад клубу[7]. 14 вересня в поєдинку проти «Телстар» Амін забив перший гол за дублерів[8]. 26 вересня в матчі проти «Гронінгена» він дебютував в Ередивізі[9]. 4 жовтня в поєдинку проти ПСВ Юнес забив свій перший гол за «Аякс»[10]. Загалом відіграв за амстердамську команду три сезони.
У липні 2018 року на правах вільного агента уклав контракт з італійським «Наполі». В італійській команді був гравцем ротації, провівши за два сезони 27 матчів в усіх турнірах.
3 жовтня 2020 року повернувся на батьківщину, приєднавшись на умовах дворічної оренди до франкфуртського «Айнтрахта».
Незважаючи на відсутність досвіду виступів за першу команду, 17 травня 2017 року тренер національної збірної Німеччини Йоахім Лев включив Юнеса в заявку команди на Кубок конфедерацій 2017 року[14]. На цьому турнірі провів дві гри і відзначився голом у ворота збірної Мексики.