Судноплавна від впадіння Моми (1154 км) з червня по вересень. Головні пристані: Хонуу, Дружина, Чокурдах, Табор. У верхній частині долини Індигірки існує золотоносна ділянка. У гирлі — промисел риби (ряпушка, чир та інша). Населення долини Індигірки незначне, місцеві жителі займаються в основному заготівлею лісоматеріалів, ловом риби і полюванням на хутрового звіра.
Середньорічна витрата води у верхній течії (селище Усть-Нера) — 421 м³/с (найбільша 3 100 м³/с, найменша 0,2 м³/с)[2], у нижній течії 1 850 м³/с (найбільша 11 700 м³/с, найменша 3,2 м³/с). Твердий стік у гирлі — 13,7 млн тонн за рік. Льодостав з жовтня до кінця травня, початку червня. Місцями перемерзає (пристань Чокурдах та інші), типові гігантські наледеніння.
У басейні Індигірки понад 80 тисяч озер загальною площею 11 800 км².
Спостереження за водним режимом річки Індигірки проводилось протягом 63 років (1936—1998) на станції в поселені Воронцове, розташованого за 350 км від гирла, впадіння її у Східносибірське море[3]. Середньорічна витрата води яка спостерігалася тут у цей період становила 1 590 м³/с для водного басейну 305 000 км², що становить близько 85 % від загальної площі басейну річки. За період спостереження встановлено, що мінімальний середньомісячний стік за весь період спостереження становив 9,1 м³/с (у квітні), що становить всього 0,16 % від максимального середньомісячного стоку, який відбувається у червні та становить — 5707,7 м³/с і вказує на надзвичайно високу амплітуду сезонних коливань.
За період спостереження, абсолютний мінімальний місячний стік (абсолютний мінімум) становив 3,28 м³/с (у квітні 1962 року), абсолютний максимальний місячний стік (абсолютний максимум) становив 10 600 м³/с (у червні 1967 року).