Mikrotom (Yunanca; mikros (küçük) ve temnein (kesmek)), alınan doku örneklerinin son derece ince bir şekilde kesilerek incelenmesine imkân tanıyan kesme aracı. Mikrotom, mikroskopta incelenecek materyallerin görünür ışık altında (ışık mikroskobu) veya elektron ışınımı altında (elektron mikroskobu) histopatolojik olarak incelenebilmesi için hazırlık aşamasında kullanılan önemli bir araçtır.
İncelenecek dokuların istenilen kalınlıkta kesilebilmesi için mikrotomlarda çelik, cam veya elmas bıçaklar kullanılır. Çelik bıçaklar hayvan veya bitki dokularının ışık mikroskobunda incelenmesi aşamasında, cam bıçaklar ışık mikroskobisi için ince kesitler alma ve elektron mikroskobu için çok ince kesitler alınması için, endüstriyel tip elmas bıçaklar kemik ve diş gibi sert dokuların kesilmesinde ve cevher kalitesindeki elmas bıçaklar elektron mikroskobu için çok ince kesitlerin hazırlanmasında kullanılırlar.
Mikrotomlar incelenecek dokuları bir insan saç telinden daha ince kesebilirler, 0.05 ve 100 µm aralığında kesitler alınabilir.
Mikrotom ilk olarak 1865 yılında İsviçreli anatomist Wilhelm His tarafından keşfedilmiştir.[1]
