Martin Heinrich Rathke (25 Ağustos 1793 Danzig - 3 Eylül 1860, Königsberg) Almanembriyolog ve anatomici. Karl Ernst von Baer ve Christian Heinrich Pander ile birlikte modern embriyolojinin kurucularından kabul edilir.[1] Kimyager Bernhard Rathke'nin (1840–1923) babasıdır.
Deniz canlıları ve seks organlarının embriyonik gelişimi üzerine çalışmıştır. Memeli ve kuş embriyolarındaki brankiyal yarıkları ve solugungaç yaylarını (solungaç yarıkları) tanımlayan ilk kişidir.[2] 1839'da hipofiz bezinin ön lobunun geliştiği, rathke kesesi olarak bilinen embriyonik yapıyı tanımlamıştır.[3]