Hamm St. Louis, Missouri'de doğmuş ve büyümüştür. 6 yaşında iken oynadığı Winnie the Pooh adlı oyun ilk oyunculuk deneyimi olmuştur. Missouri Üniversitesi'nden İngilizce dalında mezun olmuştur. Bir süre lise öğretmenliği yapan Hamm ardından Hollywood'a gitmeye karar vermiştir. 1990'ların sonunda başladığı oyunculuk kariyerinde, başarısız pilot bölümlerin ardından 2000'lerde büyük çıkışını yapmıştır. Providence (1999-2002),The Division (2001-2004) dizilerinde rol alan oyuncu, ayrıca birçok diziye de konuk oyuncu olarak katılmıştır. Bu dizilerin arasında CSI: Miami, Related, Numb3rs ve The Sarah Silverman Program gibi popüler diziler de vardır. 2002 yılında Bir Zamanlar Askerdik adlı filmde Mel Gibson'a eşlik etmiştir. 2006-2007 yıllarında What About Brian isimli dizinin ilk 6 bölümünde yer almış, yine aynı sezon The Unit adlı dizide oynamıştır.
Aktris ve yazar Jennifer Westfeldt ile 1997 yılında tanışmıştır ve o zamandan beri birliktedir. İkili hâlen Los Angeles'ta yaşamaktadır. Demokratik Parti'yi desteklediğini söylemiştir.
Mad Men
The Sopranos'un yazarı ve yapımcısı olan Matthew Weiner'ın dikkatini çekmiş ve Hamm'a Mad Men adlı dizide başrol teklif edilmiştir. Dizi ilk sezonunda büyük başarı yakalamış ve 16 dalda altın küre ödüllerine aday gösterilmiştir. Bunlar içinde en iyi drama ve drama dalında en iyi erkek oyuncu adaylıkları da vardır ve bu iki dalda da ödülü almıştır.
2011 yılında katıldığı "Inside the Actors Studio" programında diziye ilk başvurduğunda editörler tarafından "Don Draper rolü için yeterince çekici değil" denilerek geri çevrildiğini söylemiştir. Jon Hamm, Mad Men dizisindeki Don Draper karakterinin kendi babasına çok benzediğini bu sebeple bu rolün özel olduğunu düşünmektedir.