Gen havuzu, bir popülasyondaki tüm bireylerin taşıdığı genlerin toplamı için kullanılan terimdir.
Bir bireyin kalıtsal yapısı "genotip" olarak tanımlandığında; bir popülasyonun kalıtsal yapısı da "gen havuzunu" oluşturmaktadır.
Mendel'in yasaları ile bireysel kalıtım üzerine yoğunlaşan birçok araştırmacı, iki koyu gözlü atadan neden mavi gözlü bir çocuğun meydana geldiğini araştırmaya başlamış, daha sonra evrim konusu kalıtsal açıdan gündeme gelince, popülasyon genetiğinin önemi anlaşılmaya başlamıştır (bkz: popülasyon genetiği). Çünkü evrim düzeneği bireyler üzerinde değil, popülasyonlar üzerinde etkili olmuştur. Bireylerin popülasyonda genleri taşıyan aracılar olduğu fark edilmiştir.
