Endoderm, gastrulasyon sırasında, hücrelerin aktif ve pasif olarak yer değiştirmesi sonucu oluşur.[1] Bu yer değiştirmeler sonucunda hücreler Gastrula boşluğuna göre dışta, ortada ve içte olmak üzere sıralanırlar. Porifera, Ctenophora ve Cnidaria takımlarında orta tabaka bulunmaz ve diğer iki tabaka hayvanın tüm dokularını oluşturur. Buna diploblastik gelişim denir. Echinodermata ve Chordata gibi diğer yüksek hayvanlarda ise ektoderm ve endoderm arasında mezoderm denen üçüncü bir tabaka oluşur ki bu olaya triploblastik gelişim denir. Bu hücre tabakaları görünüm ve genetik aktivite yönünden birbirlerinden farklıdırlar. Bu tabakaların en içtekine endoderm denir. Endoderm yetişkin canlıda sindirim sistemini, sindirim sisteminin iç yüzeylerini, pankreas, karaciğer ve diğer bezlerle solunum sistemini oluşturur.[2]
Bazı hayvan takımlarında (örneğin Mollusca ve Annelida) bazı hücrelerin kaderleri bu gibi erken safhalarda belirlenir ve hatta bazen döllenmeden önce bile sabitlenmiş olabilir.
Ayrıca embriyonik dönemde oluşan notokord bu evrede sinir sistemiyle paralel oluşmaktadır.
