Konfederasyon, Konfederasyon Savaşı'nda Şili'ye yenilmesinden üç yıl sonra dağıldı. Ağustosda 1839'de Agustín Gamarra, Konfederasyonun feshedildiğini resmen ilan etti.
Peru-Bolivya Konfederasyonu, Alto Perú ("Yukarı Peru", şimdi Bolivya) ve Bajo Perú'yu ("Aşağı Peru", şimdi sadece Peru) tek bir siyasi ve ekonomik varlıkta yeniden birleştirmeye çalışan bir plandı. Mareşal Andrés de Santa Cruz, bu iki bölgeyi bir konfederasyon temelinde yeniden birleştirmek için iddialı bir projeyi destekledi. Bu entegrasyon sadece tarihî, kültürel ve etnik sebeplere değil, aynı zamanda sağlam ekonomik sebeplere de dayanıyordu. Birlik, eski ticarî yolları restore etmeye ve açık pazar politikasını desteklemeye çalışıyordu.
Bolivya devlet başkanı olarak Santa Cruz, o ülkenin kronik siyasi huzursuzluğundan yararlanarak Peru ile siyasi bir birlik elde etmek için birkaç başarısız plan başlattı. En iyi fırsatı 1835'te Peru devlet başkanı General Luis José de Orbegoso, General Agustín Gamarra ve Felipe Santiago Salaverry'nin isyancı ordularıyla savaşmak için ondan yardım istediğinde geldi. Santa Cruz 13 Ağustos 1835 Yanacocha Savaşı'nda Gamarra'yı ve 7 Şubat 1836 Socabaya Savaşı'nda Salaverry'yi yendi.
Bolivya'nın yardımıyla General Orbegoso, ülke genelinde liderliğini hızla yeniden kazandı ve Salaverry'yi hemen idam ettirdi. Santa Cruz'dan aldığı desteğe karşılık olarak, yeni Peru-Bolivya Konfederasyonunun kurulmasına katıldı. Santa Cruz, konfederasyonun Yüce Koruyuculuğunu üstlendi ve Orbegoso, yalnızca yeni oluşturulan Kuzey Peru Cumhuriyeti'nin başkanlığını sürdürdü.