İkincil metabolizma (aynı zamanda özelleşmiş metabolizma) canlının yaşamsallığı açısından kesin olarak arzulanmayan, metabolizmanın küçük molekül ürünleri ve biyokimyasal reaksiyonlar bütününü açıklamak için kullanılan terim. Bu ürünler antibiyotik ve pigmentleri de içerir. Normal metabolizmayı ikincil metabolizmadan ayırmak için bazen temel metabolizma terimi de kullanılır. İkincil metabolitler çoğu mikrop, bitki, mantar ve hayvan tarafından üretilir.