Sovyetler Birliği dağıldıktan sonra Çin Halk Cumhuriyeti Hükûmeti diplomatik ilişkiler kurmak ve sorunlar tartışmak üzere Kazakistan, Kırgızistan, Özbekistan, Tacikistan ve Türkmenistan'a heyet gönderdi. Çinli heyetin Kazakistan, Özbekistan, Tacikistan ve Türkmenistan ile girdiği müzakereler sorunsuz geçmiştir, fakat Kırgızistanlı memurlar ile girilen müzakerelerde sınır anlaşmazlıklarına ilişkin gerginlikler ortaya çıkmıştır.
1992 yılının başında Çin Halk Cumhuriyeti Kırgızistan ile diplomatik ilişkiler kurdu.[3]:73 Bunun ardından iki ülke, sınır anlaşmazlığı sorununu çözmek üzere sınırı birlikte incelemeye anlaştı. Birçok müzakere turundan sonra Çin ile Kırgızistan, 1996 ve 1999 yıllarında sınır anlaşmazlığını çözen anlaşmalar imzaladı.[4]
1996 yılında Kırgızistanlı ekonomistBoris Silayev [en], başkent Bişkek'te Çin ekonomik reformunun önderi Deng Şiaoping'in adını taşıyan bir sokağın olmasını önerdi ve Kırgızistan'ın Çin'in reform ve açılmayla geçirdiği deneyimden öğrenebileceği derslerin olduğunu ileri sürdü.[5]
2010 Güney Kırgızistan olayları sırasında yaklaşık 7 bin yerel Çinli Kırgızistan'ın güneyinde mahsur kalmış veya Kara-Sutoptancı pazarındaki konut sahasında sığınmaya mecbur kalmış. Kırgızistan'daki Çin Büyükelçiliği, mahsur kalmış Çinlileri güvenli bölgelere götürmek üzere planlar açıkladı ve Kırgızistan'daki Çin Ticaret Odası, Çinli iş insanlarını korumak üzere bunlar için güvenlik görevlileri ayarladı.[6]
17 Ocak 2019 tarihinde Bişkek'te protestolara patlak verildi. Protestocular, Çin'in Kırgızistan üzerindeki etkisinin durmadan büyümesini protesto etti ve çeşitli konulara dair Kırgızistanlı memurlara yönelik çağrılarda bulundular: Çin'den gelmiş yasadışı göçmenlerin sınırdışı edilmesini, Kırgızistan'ın üstlediği Çin borcunun oranının azaltılmasını, yerel insanların Çinlilerle evlenmelerinin yasaklanmasını ve önceki sene bir Çin şirketinin işlettiği yerel bir enerji santralinin çöküşünün derinlemesine araştırılmasını talep ettiler. Polis 21 göstericiyi tutukladı.[7][8]