เนื้อเรื่องย่อ
วันหนึ่ง นักสืบม.ปลาย วัย 17 ปี ที่ชื่อ คุโด้ ชินอิจิ ไปเที่ยวสวนสนุก Tropical Land กับเพื่อนตั้งแต่สมัยเด็ก ชื่อ โมริ รัน แล้วระหว่างนั้นก็เกิดคดีฆาตกรรมขึ้น ชินอิจิก็ได้ทำการคลี่คลายคดีได้สำเร็จ แต่ก็ยังเคลือบแคลงใจชาย 2 คนในผู้ต้องสงสัย เลยแอบสะกดรอยตามไป จึงได้ไปเห็นหนึ่งในผู้ต้องสงสัยซึ่งเป็นชายในชุดดำ (วอดก้า) กำลังก่อคดีอยู่ ชินอิจิที่แอบมองอยู่ไม่ทันระวังตัว ชายชุดดำอีกคน (จีน) ก็ได้ใช้ของแข็งตีที่หัวของชินอิจิ ทำให้ชินอิจิสลบไป แล้วจับกรอกยาพิษ ซึ่งทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงเป็นเด็ก เมื่อชินอิจิตื่นขึ้นมา เขาก็ได้ค้นพบว่าตัวเองได้กลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ
ด้วยความตกใจชินอิจิรีบวิ่งไปหาเพื่อนบ้าน ด.ร. อากาซะ เพื่อบอกเรื่องนี้ ดร. จึงช่วยหาเสื้อผ้ามาเปลี่ยนให้ ระหว่างนั้นเอง รันก็มาที่บ้านดร. เพื่อถามหาชินอิจิ ชินอิจิที่ร่างเล็กอยู่ เลยต้องรีบคว้าแว่นมาใส่ พอรันถามว่าชื่ออะไร ชินอิจิ ชำเลืองไปเห็นชื่อหนังสือของ เซอร์ โคนัน ดอยส์ บนชั้นหนังสือของดร. จึงบอกไปว่าชื่อ เอโดกาวา โคนัน
พ่อแม่ของโคนันอยู่ต่างประเทศ ดร.อากาซะ จึงแนะนำให้โคนันไปอยู่ที่บ้านของรัน กับพ่อของเธอที่ทำอาชีพเป็นนักสืบรับจ้างขื่อ โมริ โคโกโร่ ซึ่งเป็นนักสืบที่ไม่ได้เรื่อง เผื่อจะได้ติดตามข่าวของพวกชายชุดดำได้ หลังจากที่โคนันไปอยู่ที่บ้านของรันไม่นาน เมื่อเกิดคดีต่างๆขึ้น โคนันก็จะช่วยคลี่คลายคดีแทนโมริ โคโกโร่ โดยใช้ปืนยาสลบทำให้หลับ แล้วใช้โบหูกระต่ายเปลี่ยนเสียง ซึ่งเครื่องมือเหล่านี้ ดร. เป็นคนทำทั้งนั้น
อย่างไรก็ตาม การคลี่คลายคดีของโคนัน ทำให้ โคโกโร่ กลายเป็นนักสืบที่โด่งดัง จนได้มีชื่อว่า โคโกโร่ นิทรา ต่อมาก็มีคดีมากมายเกิดขึ้นเพื่อให้โคนันคลี่คลายอยู่เสมอ ในขณะเดียวกัน โคนันก็พยายามที่จะตามหาชายชุดดำเพื่อที่จะคืนร่างเป็นชินอิจิคนเดิมให้ได้
ตัวการ์ตูนหลักในเรื่อง
โคนัน(คุโด้ ชินอิจิ) นักเรียนชั้นปีที่ 2 โรงเรียนมัธยมปลายเทตันอายุ 17 ปี เป็นลูกชายของคุโด้ ยูซากุ และคุโด้ (ฟุจิมิเนะ) ยูกิโกะ เกิดเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม คลั่งไคล้เชอร์ล็อคโฮมอย่างมาก พ่อแม่ย้ายไปอยู่ที่ลอสแองเจลิส ส่วนตัวเองอยู่ที่ประเทศญี่ปุ่นคนเดียวตั้งแต่อายุ 14 ปี จากอิทธิพลของพ่อที่เป็นนักเขียนนิยายสืบสวน ทำให้หลงใหลการสืบสวน และมีชื่อเสียงในฐานะนักสืบ ม.ปลาย ชินอิจิเป็นคนฉลาด มีไหวพริบ ช่างสังเกต มีความมั่นใจในตนเอง และเนื้อหอมมาก ชินอิจิมีความสามารถพิเศษหลายอย่าง เช่น เล่นฟุตบอล ขับเฮลิคอปเตอร์ ชินอิจิไม่ชอบทานลูกเกด แต่ชอบเลมอนพายมากเป็นที่สุด สิ่งที่ชินอิจิไม่เก่งเลย คือ การร้องเพลงหลังจากโดนชายชุดดำจับทานยาที่ทำให้ตัวเล็กลง ชินอิจิก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็นเอโดะกาว่า โคนัน และได้ย้ายไปอาศัยอยู่กับนักสืบโมริ โคโกโร่
โมริ รัน เป็นเพื่อนสมัยเด็กกับชินอิจิ และเป็นลูกสาวของนักสืบโมริ โคโกโร่ และทนายคิซากิ เอริ รันมีทั้งความเข้มแข็ง อ่อนโยน และยังเก่งคาราเต้มากอีกด้วย ตั้งแต่พ่อแม่แยกทางกันรันต้องคอยดูแลพ่อ และพยายามทำให้ทั้งสองคนคืนดีกัน หลังจากที่ชินอิจิหายสาบสูญ และเด็กน้อยที่ชื่อว่าโคนันได้ปรากฏตัวขึ้น รันก็สงสัยว่าชินอิจิและโคนันเป็นคนๆ เดียวกัน แต่ชินอิจิก็พยายามปกปิดความลับเอาไว้เพื่อความปลอดภัยของรัน
โมริ โคโกโร่ พ่อของโมริ รัน มีฉายว่า "โคโกโร่นิทรา" เพราะท่าทางเวลาคลี่คลายคดีเหมือนคนนอนหลับ ซึ่งเป็นผลจากปืนยาสลบของโคนัน อย่างไรก็ตามโคโกโร่ก็ยินดีรับความชื่นชมทั้งๆ ที่ไม่รู้ว่า ตัวเองได้ทำอะไรไปบ้าง โคโกโร่มีนิสัยเจ้าชู้และสูบบุหรี่จัดมาก ชอบเล่นไพ่นกกระจอก แต่ก็มีข้อดีคือเล่นยูโดเก่ง และยิงปืนได้แม่น นักร้องที่ชื่นชอบมากคือโอกิโนะ โยโกะ เเละเมื่อก่อนยังเคยเป็นตำรวจเเผนกฆาตกรรมอีกด้วย
ดร.อากาสะ ฮิโรชิ เป็นนักวิทยาศาสตร์เพื่อนบ้านของคุโด้ ชินอิจิอายุ 52 ปี อยู่บ้านเลขที่ 22 หมู่ 2 เบกะโจ คอยช่วยเหลือโคนันทุกๆ เรื่อง นอกจากนั้นก็ได้ประดิษฐ์ของให้โคนันไว้ใช้ตอนสืบสวนคดี ที่ใช้บ่อยๆ คือ หูกระต่ายเปลี่ยนเสียงที่ยิงยาสลบได้ และรองเท้าเพิ่งพลังไว้เตะลูกฟุตบอลสกัดคนร้าย
เมงูเระ จูโซ เป็นตำรวจที่เกลียดการใช้นกต่อที่สุด มักเจอโคนันตอนเกิดคดีฆาตกรรมอยู่เสมอ
โคจิม่า เกนตะ หนึ่งในสมาชิกขบวนการนักสืบเยาวชน ที่ยึดตำแหน่งหัวหน้าโดยการบังคับคนอื่นเอา เป็นเด็กใจร้อน แต่ก็มีเข้มแข็ง สามารถช่วยเหลือเพื่อนๆ เวลาตกอยู่ในอันตรายได้
ซบุรายะ มิทซึฮิโกะ หนึ่งในสมาชิกขบวนการนักสืบเยาวชน ที่ดูท่าจะมีหลักการและเหตุผลมากกว่าเด็กคนอื่น ชอบวิชาวิทยาศาสตร์มาก
โยชิดะ อายูมิ หนึ่งในสมาชิกขบวนการนักสืบเยาวชน เป็นเด็กที่น่ารักและมีน้ำใจกับเพื่อนเสมอ
ไฮบาระ ไอ(มิยาโนะ ชิโฮ) ใช้โค้ดเนมว่า "เชอรี่" เป็นคนผลิตยาที่ทำให้ตัวเล็กลง แต่สุดท้ายก็ต้องกินยาที่ตัวเองทำเพื่อหนีจากองค์กรชายชุดดำ หลังจากนั้นได้มาศัยอยู่กับ ดร.อากาสะ และเปลี่ยนชื่อเป็น ไฮบาระ ไอ
ฮัตโตริ เฮย์จิ นักสืบ ม.ปลายผู้มีชื่อเสียงในแถบคันไซ โอซาก้า หากชินอิจิเป็นนักสืบแห่งตะวันออก เฮย์จิก็จะเป็นนักสืบแห่งตะวันตก เป็นผู้ที่มีมาโตเกียวและถามว่า "คุโด้อยู่ไหน" ตอนที่เจอกับเฮย์จิ โคนันเป็นหวัดและดื่มเหล้าขาวเข้าไป จึงคืนร่างเป็นชินอิจิ และคลี่คลายคดีเอาชนะเฮย์จิได้อย่างสวยงาม ในตอนหลังเฮย์จิเริ่มรู้สึกว่าโคนันแปลกจากเด็กทั่วไป จนรู้ความลับที่ว่าโคนันคือชินอิจิ และกลายมาเป็นเพื่อนและคู่หูที่ดีต่อกัน
