เมฆมาเจลลันเป็นที่รู้จักกันมานานแล้วตั้งแต่ยุคโบราณในตะวันออกกลาง การอ้างอิงถึงเมฆมาเจลลันใหญ่ครั้งแรกทำโดยนักดาราศาสตร์ชาวเปอร์เซียชื่อ อัล ซูฟี ในหนังสือ Book of Fixed Star ที่เขาเขียนในปี ค.ศ. 964 เรียกดาราจักรนี้ว่า Al Bakr ซึ่งหมายถึง "แกะแห่งอาหรับใต้" ทั้งยังระบุด้วยว่าทางตอนเหนือของคาบสมุทรอาหรับกับในแบกแดดไม่สามารถมองเห็นดาราจักรนี้ แต่จะมองเห็นได้จากช่องแคบบับเอลมันเดบที่ละติจูด 12°15' เหนือ
ในยุโรป คณะสำรวจของเฟอร์ดินานด์ มาเจลลัน เป็นผู้แรกที่สังเกตเห็นเมฆนี้ในระหว่างการแล่นเรือรอบโลกระหว่างปี ค.ศ. 1519-1522 โดยมีการบันทึกไว้โดยอันโตนีโอ ปีกาเฟตตา อย่างไรก็ดีการเรียกชื่อเมฆเหล่านี้ตามนามสกุลของมาเจลลันยังไม่เป็นที่แพร่หลายนักจนเวลาผ่านไปอีกนาน ในรายการดวงดาว Uranometria ของไบเออร์ นักดาราศาสตร์ชาวเยอรมันเรียกเมฆทั้งสองนี้ว่า "นูเบคูลาใหญ่" (Nubecula Major)[3] และ "นูเบคูลาเล็ก" (Nubecula Minor) แม้ในแผนที่ดาวฉบับปี ค.ศ. 1756 ของลาซายล์ นักดาราศาสตร์ชาวฝรั่งเศส เมฆทั้งสองนี้ก็ยังมีชื่อว่า "Le Grand Nuage" กับ "Le Petit Nuage"[4] (ภาษาฝรั่งเศส มีความหมายว่า "เมฆใหญ่" และ "เมฆเล็ก" ตามลำดับ)
↑de Lacaille, N. L., (1756) "Planisphère contenant les Constellations Célestes", Mémoires Académie Royale des Sciences pour 1752. (Linda Hall Liblaryเก็บถาวร 2009-05-09 ที่ เวย์แบ็กแมชชีน, Retrieved on 2009-09-05)
