Varanger museum bildades i januari 2006 som ett led i den museireform som den norska regeringen påbörjade i början av 2000-talet och vars syfte var att regionalt slå samman museer och stärka deras fackmässiga kompetens. I första etappen ingick Vardø museum och Vadsø museum-Ruija kvenmuseum. Sør-Varanger museum anslöts i september 2009.