Staden grundades 1666 av kosacker och hette då Udinskoje, vilket år 1689 ändrades till Verchneudinsk. Sedan 1899 går Transsibiriska järnvägen genom staden. Den fick det nuvarande namnet 1934. Namnet betyder "röda Uda" på burjatiska, ett kommunistiskt färgat namn och gest till det lokala språket.
Fram till 2009 administrerade Ulan-Ude några separata orter utanför själva centralorten, bland annat Zaretjnyj och Sokol, samt vissa landsbygdsområden. Dessa orter och områden har nu slagits hop med centrala Ulan-Ude (i huvudsak med distriktet Sovetskij). Det som motsvarar dagens stadsgräns hade 386 880 invånare 2002.[3]