Lottningen för den första och andra kvalomgången hölls den 25 juni 2012.[5] De första matcherna kommer att spelas den 5 juli, returmötena kommer att spelas den 12 juli 2012. [3] Här går de svenska lagen IF Elfsborg och Kalmar FF in i turneringen.
Första matcherna kommer att spelas den 19 juli, returmötena kommer att spelas den 26 juli 2012.[3] Här kommer det svenska laget AIK att gå in i turneringen.
Playoffomgången är den sista omgången innan gruppspelsomgången och den officiellt första omgången av Uefa Europa League. 62 lag deltar i omgången: 29 vinnare från den tredje kvalomgången, 14 förlorare från den tredje kvalomgången i Uefa Champions League samt 19 lag som går in i den här omgången.
I slutspelet spelar gruppettorna och grupptvåorna från Europa Leagues gruppspel, vilket är 24 lag. Till dessa 24 lag tillkommer även 8 grupptreor från gruppspelet av Champions League. Slutspelet består alltså av 32 lag.
Sextondelsfinalen är den första omgången i slutspelet. Totalt deltar 32 lag, de 24 stycken som gått vidare från grupperna samt de 8 lag som blivit grupptreor i Uefa Champions League 2012/2013. Lottningen skedde den 20 december 2012. De första matcherna spelades den 14 februari och de andra matcherna spelades den 21 februari 2013.
De 16 vinnarna ifrån sextondelsfinalerna deltar i åttondelsfinalen. Åttondelsfinalen lottades den 20 december 2012. De första matcherna spelades den 7 mars och de andra matcherna spelades den 14 mars 2013.