Junnila var en av de få finländska politiker som på 1960- och 1970-talet öppet kritiserade president Urho Kekkonen för dennes politik i förhållande till Sovjetunionen. Han ingick i Honkaförbundet 1961 och analyserade notkrisen i boken Noottikriisi (1962). Sina memoarer publicerade han redan 1980 under titeln Toisinajatteleva Kekkosen tasavallassa.