I samband med att Mexikanska republiken återskapas 1871 efter kejsar Maximilians fall ställer Lerdo och Porfirio Díaz upp som kandidater mot Benito Juárez som blir omvald. Lerdo tillsätts som ordförande i högstadomstolen och som sådan blir har interimspresident då Juárez dör 1872. Han dör utan att ha gift sig i landflykt i New York. Hans kvarlevor återbördas till Mexiko och är begravda vid Rotonda de los Hombres Ilustres.
