San José del Cabo har ett tropiskt torrt ökenklimat. Den årliga genomsnittliga temperaturen är 30 °C under dagen och 19 °C under natten. Luftfuktigheten är i regel låg året runt, men kan dock stiga ifall tropiska stormar passerar längs staden. Temperaturen regleras av havsbrisen från både stilla havet och californiaviken, men rör man sig endast ett tiotal kilometer inåt land kan temperaturen vara hela 10 °C högre.[3]
Havstemperaturen är 22 °C som lägst under vintern, och 29 °C som högst under sommaren.[4]
Normala temperaturer och nederbörd i San José del Cabo[3]