USA:s presidentJames Buchanan utnämnde 1857 Medary till guvernör i Minnesotaterritoriet. Han var territoriets tredje och sista guvernör. Minnesota blev 1858 delstat och Henry Hastings Sibley valdes till delstatens guvernör. Medary efterträdde i december 1858 James W. Denver som Kansasterritoriets guvernör. Även i Kansas skedde ett upplösande av territoriet och ämbetet ersattes med den nya delstatens guvernör. Medary var territorialguvernör fram till december 1860 och Charles L. Robinson tillträdde som guvernör i Kansas i februari1861.
Medary var sedan verksam som publicist i Ohio. Han blev anhållen 1864 anklagad för konspiration mot regeringen. Han frigavs mot borgen men avled innan rättegången mot honom kunde inledas. Hans grav finns på Greenlawn Cemetery i Columbus. Medaryville, en liten stad i Indiana, har fått sitt namn efter Samuel Medary.
