Efterhand fick han, till följd av ärkebiskopens tilltagande ålder, i praktiken ledningen av det kyrkliga livet i England. Bland det han tvangs hantera fanns Marprelate-striden mot Thomas Cartwright och John Penry. Bancroft var närvarande vid drottning Elisabets dödsbädd. Det var under hans ledning som den nya engelska kyrkordningen av år 1604 utarbetades. Han ledde även framställandet av den nya bibelöversättningen av år 1611.
I november 1604 efterträdde Bancroft Whitgift som ärkebiskop av Canterbury. Han visade samma iver och stränghet som tidigare, och med så stor framgång att lord Clarendon uttryckte uppfattningen att "om Bancroft hade levat, skulle han snabbt ha släckt den eld i England som hade blivit tänd i Genève."
