Eber tillhörde Philipp Melanchthons vänkrets och intog i de aktuella teologiska striderna mellan de ortodoxa luteranerna och de så kallade "kryptokalvinisterna" en förmedlande hållning. Han utgav bland annat en judarnas historia från tiden efter fångenskapen och företog en revison av Gamla testamentet för det stora, från Wittenberg 1565 utgivna tysk-latinska bibelverket Biblia germanico-latina.[1]
När vi i högsta nöden står (1695 nr 307, 1921 nr 636, 1986 nr 540) översatt till tyska från Camerarius In tenebris nostre till Wenn wir in höchsten Nöten sind diktad omkring 1566.
Vocabvla rei nvmmariae ponderum et mensurarum Graeca, Latina, & Ebraica, 1546 tillsammans med Joachim Camerarius och Philipp Melanchthon. Ny utgåva 1563.
Contexta populi Judaici historia a reditu ex Babylonico exilio usque ad ultimum excidium Hierosolymae, Wittenberg 1548 (flera upplagor och översatt till tyska och franska)
Calendarium historicum, Wittenberg 1550 (flera upplagor och översatt till tyska och franska bl. 1582)
Evangeliorum dominicalium explicati, utgiven av Johann Cellarius, Frankfurt 1576 och en till tyska översatt utgåva, Frankfurt 1578);
Katechismuspredigten, utgiven av Theophilus Feurelius, Nürnberg 1577;
Vom heiligen Sakrament des Leibs u. Bluts unseres Herrn Jesu Christi, Wittenberg 1562;
Pia et in verbo Dei fvndata assertio, declaratio & confessio... de sacratissima cæna Domini nostri Iesv Christi..., utgiven av Lorenz Schwenck, Wittenberg 1563
Pia assertio de coena domini, Wittenberg 1563
Biblia germanico-latina, Eber deltog som medarbetare till utgivningen i Wittenberg 1565
Briefe im Ccrp.Ref. 3-9 finns i Staatsbiblioteket i München och Landesbiblioteket i Gotha
Biblia Germanico-Latina, Wittenberg 1565, innehåller Gamla testamentet, som utgavs tillsammans med Georg Major och med stöd av kurfursten August von Sachsen
Pia assertio de coena domini“, 1563.
Erklärung der Definition oder Beschreibung Gottes utgiven av Mattheus Major 1588
Schriften über die Abendmahlsfrage
Psalterium cum argumentis 1563
Historia populi Judaici, à reditu ex captivitate babylonica, das ist: historische Beschreibung der Geschichten desz judischen Volcks... översatt till tyska och utgiven 1623.
