Patrick Mboma var med i såväl VM 1998 som 2002. I det senare mästerskapet gjorde han ett mål mot Irland. Det blev dock en besvikelse för Kamerun, då de åkte ut i gruppspelet. Han gjorde även ett mål mot Chile 1998. Matchen slutade 1–1, och Kamerun blev utslagna i gruppspelet. Mboma slutade i landslaget i början av 2004 då Kamerun blev utslagna av Nigeria i kvartsfinalen av Afrikanska mästerskapet.
Mbomas främsta meriter som fotbollsspelare inbegriper ett OS-guld med Kamerun år 2000, samt två raka segrar i Afrikanska mästerskapet år 2000 och 2002.
Under den senare delen av sin landslagskarriär utgjorde Mboma en framgångsrik anfallsduo tillsammans med Samuel Eto'o.