Lymperopoulos inledde proffs-karriären 1993 i Erani Filiatron. Samma år flyttade han till PAE Kalamata där han gjorde 78 matcher och 20 mål. 1996 lämnade Lymperopoulos den klubben för spel i Panathinaikos i vilken han gjorde 186 matcher och 72 mål. 2003 gick han till AEK Aten, 2008 han till Eintracht Frankfurt, och 2010 han till AEK Aten.